2016年10月，“长三角医院协同发展战略联盟”于上海正式成立（后更名为“长三角医院联盟”），由上海、江苏、浙江、安徽的四家龙头医院率先发起，首批长三角26座城市的77家代表医院自愿参与。

2016年10月，长三角医院联盟秉持着“持续推进医院高质量一体化发展”的使命和共同愿景，达成“六大共识”、铺设“六张网”，旨在让核心城市、核心医院的优质医疗资源，彻底打破地域屏障，惠及长三角乃至全国广大

2017年10月，《长三角医院联盟全质量管理评论》（后更名为《长三角医院管理评论》）正式创刊。这是全国首本以医院联盟为主体，聚焦区域医疗健康事业发展而创设的综合性医院管理评论期刊。

2017年10月，《长三角医院联盟全质量管理评论》（后更名为《长三角医院管理评论》）正式创刊。这是全国首本以医院联盟为主体，聚焦区域医疗健康事业发展而创设的综合性医院管理评论期刊。

2021年6月，长三角医院联盟成立首批医疗质量与安全、智慧医院建设、员工激励与发展、科研创新、后勤保障与基建5个专委

2023年4月，增设党建文化、院办、医院运营管理3个专委会。

2024年6月，联盟医疗质量与安全专委会推出《长三角医院医务管理共识（2024版）》，成为首份国内区域医务管理共识。

2024年6月，联盟成立血液系统罕见病、泌尿系统罕见病、眼底血管罕见病、炎症性肠病专病联盟。

2024年6月，联盟发布吉祥物。

2024年6月，长三角医院联盟与上海长三角智慧医药科技创新促进中心、海南博鳌乐城国际医疗旅游先行区管理局、长三角研究型医院学会联合体、长三角企业家联盟达成战略合作，推动联盟跨区域、跨行业、跨领域交流与合作。

2024年11月，长三角医疗援疆联盟成立，同时签订长三角医疗援疆联盟合作备忘录，标志着三省一市将在深化医疗人才“组团式”援疆工作、共享共用优质医疗资源上迈出更加坚实的步伐。

2025年起，长三角医院联盟年度会议根据“长三角地区主要领导座谈会”的举办地点——按照“上海—安徽—浙江—江苏”依次举行，打造区域医院管理共商共建、共同议事的平台。

2025年3月，长三角医院联盟的成员单位已达到162家头部医院及50余家县域医院。

2025年6月：
增设医保商保专委会和中西医结合专委会，并将“智慧医院专委会”正式更名为聚焦前沿的“AI大健康应用专委会（AHAC）”。
国内首部《肾脏罕见肿瘤精准诊断与治疗专家共识》权威发布，提供疑难病诊疗“长三角方案”。
“长三角AI+医疗科研培训认证班”及“首届长三角AI+医疗创新大赛”双启动，培育创新人才与激发产业活力。
增设乙肝专病联盟、心血管罕见病联盟、胸腹主动脉瘤专病联盟，力促优质资源跨区域下沉共享。
完成“长三角智慧医药创新研究项目”“长三角医防融合与西部支援战略合作”“长三角人工智能安全产业联盟战略合作”“长三角智能机器人及语料库战略合作”“长三角公益活动专项企划项目”签约，不断提升区域医疗服务能力。
长三角医院联盟与央视CCTV展开深入合作，发起“长三角医院纪录片巡礼”项目。